Die Crew des französischen Bergungsschiffes Piper Maru wird mit schweren Strahlenschäden in San Diego ins Krankenhaus eingeliefert. Angeblich sollten sie ein Flugzeug aus dem Zweiten Weltkrieg bergen, doch Mulder vermutet, dass es sich dabei tatsächlich um ein UFO handelt. Bei seinen Ermittlungen trifft er auf seinen Ex-Partner Krycek, der offenbar Regierungsgeheimnisse an Interessenten in aller Welt verkauft.
Im Jahr 1846 wird der junge Notar Adam Ewing auf einer entlegenen Pazifikinsel mit den Schrecken der Sklaverei konfrontiert. Er vertraut die schockierende Erfahrung seinem Tagebuch an, nicht ahnend, dass seine bewegenden Schilderungen knapp 100 Jahre später den talentierten Komponisten Robert Frobisher zu seinem Opus Magnum inspirieren: Das Cloud Atlas Sextett. In leidenschaftlichen Briefen an... Cloud Atlas - Der Wolkenatlas